制定港口费率的基本原则是：
（1）有利于促进外贸和国内经济发展。
港口费眉整个水路运输用中占有一定的比例，它涉及到商品的成本，直接影响商品在市场上的竞争力。如果费率标准订得过高，则不利于进出口贸易的发展，在国内沿海运输市场，则有可能使货主弃水改陆。失去水路“经济便利”优势。而费率标准定得偏低，则影响港口的建设发展，所以费率的标准根据装卸总成本订在较为合理的水平上，既不对商品价格造成较大影响，促进对外贸易和国内经济的增长，又不影响港口的经济效益。
（2）有利于促进港口企业改善经营管理。
港口企业增加利润的途径主要来自增加收入和降低成本两方面。提高港口费收标准是有限的，且受各种因素的制约，因此，只能从管理方面加以改进，从各方面降低成本开支，提高服务质量和企业管理水平，做到良性循环，以求得更多的利润。
费率标准的制定并非固定不变，而应随着国际、国内运输市场的变化而相应的调整。只晨一定的时间内具有相对的稳定性。